本人为应届毕业生，这种就业协议有效吗？

有效。《就业协议书》在毕业生、用人单位、学院、学校签字盖章后即生效。法律依据：《中华人民共和国民法典》第四百六十五条依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
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你跟公司签订的协议是你跟公司的意思表示，关学校什么事。你们双方签字就有效了
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具体问题要具体分析，不能绝对就是无效的，要看合同上的签名以及合同成立并生效要件的约定